Seniausias Lietuvoje Vilniaus universitetas įkurtas 1579m., tačiau chemiją dėstyti jame tepradėta tik daugiau kaip po dviejų šimtmečių. Pirmoji Europoje švietimo ministerija – Edukacinė komisija, iš Jėzuitų ordino perėmusi vadovavimą Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės Vyriausiajai mokyklai (taip tuo metu buvo vadinamas Vilniaus universitetas), nusprendė pagerinti medikų rengimo lygį ir įkurti jiems skirtą chemijos katedrą. Tuometinis universiteto rektorius, Anglijos ir Prancūzijos Mokslų Akademijos narys astronomas Martynas Počobutas katedrai vadovauti 1784m. pakvietė Turino karališkosios akademijos narį filosofijos ir medicinos daktarą Juozapą Sartorijų, kuris dirbo Vilniuje iki 1793 m.

Antrasis universiteto chemijos katedros vedėjas – Krokuvos Jogailos universiteto auklėtinis Andrius Sniadeckis (1768 – 1838) chemijos katedrai vadovavo 25 metus. Jo iniciatyva ir rūpesčiu Universitete buvo pastatytas specialus pastatas chemijai dėstyti, įrengta puiki studentams prieinama laboratorija, aprūpinta visais būtinais įrengimais ir medžiagomis. A.Sniadeckio monografija “Gyvųjų būtybių teorija” – vienas pirmųjų pasaulyje biochemijos, biofizikos ir teorinės biologijos vadovėlių, išversta į vokiečių ir prancūzų kalbas, pelnė jam vietą pasaulinėje mokslo istorijoje, leidžia jį laikyti vienu iš šiuolaikinės biogeochemijos ir geochemijos pirmtakų. Ši monografija, taip pat jo dviejų dalių vadovėlis “Chemijos pradmenys” buvo pirmosios lenkų kalba parašytos chemijos knygos, tad A.Sniadeckiui priklauso ir chemijos lenkiškosios terminijos kūrėjo nuopelnai. Savo vilniškėje laboratorijoje analizuodamas platinos rūdas A.Sniadeckis buvo suradęs naują, tuo metu dar nežinomą cheminį elementą rutenį (jis vadino tą elementą vesčiu), tačiau dėl nepalankiai susiklosčiusių aplinkybių atradimas nebuvo pripažintas.

Trečiasis VU chemijos katedros vedėjas A.Sniadeckio mokinys Ignacas Fonbergas (1801 – 1891) vadovavo katedrai 1822 – 1842 m. Dirbdamas Vilniuje I.Fonbergas pradėjo rašyti didžiulį 6 tomų cheminės technologijos vadovėlį, išleido chemijos terminų žodyną, analizavo Druskininkų mineralinių šaltinių vandenis. Tačiau produktyvi I.Fonbergo veikla Vilniaus universitete buvo grubiai nutraukta: po nepavykusio 1831 m. sukilimo caro valdžia 1832 m. uždarė universitetą, o 1842 m. – ir vietoje jo kurį laiką veikusią Medicinos-chirurgijos akademiją. I. Fonbergas buvo priverstas persikelti į Kijevo universitetą, su savimi išsivežti didžiąją dalį chemijos laboratorijos įrengimų bei medžiagų.

Vilniaus universiteto vardą pasaulyje garsino dar du A.Sniadeckio auklėtiniai: R.Heimanas ir I.Domeika. Rudolfo Heimano (1802 – 1865) veikla susijusi su Maskvos universitetu: jis dirbo tame universitete 30 m., išspausdino 5 dalių cheminės technologijos vadovėlį, beveik 20 metų skaitė technikinės chemijos paskaitų ciklą Maskvos fabrikantams ir gamybos meistrams, organizavo kai kurių chemijos produktų pramoninę gamybą. R.Heimano rūpesčiu buvo pastatytas Maskvos universiteto laboratorinis korpusas su puikiai įrengtomis laboratorijomis, kuriomis Maskvos universiteto studentai naudojosi iki pat 1953 m.

Igną Domeiką (1801 – 1888) gyvenimo keliai nuvedė iki tolimosios Čilės. Jis 37 m. vadovavo Čilės sostinės Santjago universiteto Chemijos ir mineralogijos katedrai, 16 m. buvo to universiteto rektorius, Vilniaus universiteto pavyzdžiu pertvarkė Sant Jago universitetą ir visą Čilės aukštąjį mokslą. Jo parašytu vadovėliu “Bandymų traktatas”, skirtu mineralų cheminiam tyrimui, naudojosi ne tiktai Čilės, bet ir Bolivijos, Peru, Meksikos, Ispanijos studentai. I.Domeika labai daug nusipelnė ir Čilės geologijai bei mineralogijai: jis surado stambius vario rūdų, aukso, sidabro, akmens anglių telkinius, sudarė pirmąjį Čilės geologinį žemėlapį, aprašė keletą iki tol nežinomų mineralų, tyrinėjo Čilės vulkanų veiklą bei mineralinius vandenis, sukūrė vieningą šalies metereologinių stočių tinklą, mokslinėje spaudoje paskelbė apie 400 darbų.

Uždarius Vilniaus universitetą ir Medicinos – chirurgijos akademiją, Lietuva bemaž 80 metų liko be jokios aukštosios mokyklos. Ir tai tuo metu, kai Europoje visos mokslo šakos, taigi, ir chemija, vystėsi iki tol neregėtais tempais! Po kelių nesėkmingų bandymų Vilniaus universitetas buvo atkurtas tik 1919 m. Jis gavo oficialų savo įkūrėjo, Lenkijos ir Lietuvos karaliaus Stepono Batoro vardą, tačiau priklausė ne Lietuvai, o Vilniaus kraštą okupavusiai Lenkijai. Stepono Batoro universiteto Matematikos-Gamtos fakultete veikė Chemijos skyrius, kuriame 1919-1922 m. susikūrė 4 katedros: Neorganinės, Organinės, Fizikinės ir Technikinės chemijos. Dauguma šių katedrų dėstytojų ir netgi studentų buvo atvykę iš Lenkijos, ypač iš Galicijos, Antrojo pasaulinio karo pradžioje jie grįžo atgal ir pokariniam Vilniaus universitetui bei chemijos raidai Lietuvoje žymesnės įtakos neturėjo.

Tarpukario metais Nepriklausomoje Lietuvoje vietoje atplėšto Vilniaus universiteto veikė Lietuvos (nuo 1930 m. – Vytauto Didžiojo) universitetas (VDU) Kaune, oficialiai pradėjęs darbą 1922 m. vasario 16d. Šio universiteto Matematikos – Gamtos fakulteto Fizikos – Chemijos skyriuje dirbo Neorganinės ir analizinės, Organinės bei Fizikinės chemijos katedros, o Technikos fakultete – Neorganinės chemijos technologijos ir Organinės chemijos technologijos katedros. Būtent tos katedros parengė Lietuvos ūkiui reikalingus pirmuosius chemijos specialistus, išugdė profesūrą ne tiktai sau, bet ir kitoms šalies aukštosioms mokykloms, dirbusią ir tarpukario, ir pokario okupacijų metais. Šių dienų mūsų chemikų pasiekimų šaknys ne kur kitur, o Vytauto Didžiojo universiteto chemikų darbuose.

Plačiai garsėjančios dabartinės mūsų elektrochemikų mokyklos pradininkai akademikai J.Matulis ir J.Janickis savo veiklos pradžioje buvo globojami Lietuvos fizikochemikų mokyklos kūrėjo prof. Vinco Čepinskio (1871 – 1940), Lietuvos universiteto daugkartinio rektoriaus, jo garbės profesoriaus, kurį laiką ėjusio Lietuvos švietimo ministro pareigas, didžiulių fizikinės chemijos ir fizikos vadovėlių ir pasaulinėje literatūroje ilgai cituotų mokslo darbų autoriaus. Dabartiniai lietuvos organikai savo pirmtaku laiko akad. Antaną Purėną (1881 – 1962), VDU prorektorių ir rektorių, pirmąjį Lietuvos Mokslų Akademijos viceprezidentą. Vilniaus universiteto analitikų mokyklos pradininkas prof. Kazys Daukšas (1905 -1985) pirmuosius mokslinio darbo įgūdžius įgijo vadovaujamas prof. Filypo Butkevičiaus (1887 – 1934), vieno iš talentingiausių VDU chemikų, 4 vadovėlių autoriaus, Vokietijos ir JAV chemikų draugijų nario. Lietuvos cemento pramonės pagrindus savo atkakliu darbu padėjo žymiausias VDU chemikas technologas Neorganinės chemijos technologijos katedros vedėjas prof. Pranas Jodelė (1871 – 1955), Universiteto rektorius ir ilgametis prorektorius, statybinių medžiagų dviejų vadovėlių autorius. Dabar itin populiarių gamtosaugos darbų pradininkas Lietuvoje buvo Organinės chemijos technologijos katedros vedėjas prof. Jonas Šimkus (1873 – 1944), pirmasis Lietuvos universiteto rektorius, trijų Lietuvos vyriausybių narys cheminės technologijos vadovėlio autorius.

Apie Lietuvos ir Vilniaus universiteto chemijos istoriją galima plačiau pasiskaityti Z.Mačionio ir J.Kudabos mokymo priemonėje “Chemijos ištakos Lietuvoje” (1984).

Doc. dr. Zenonas Mačionis